Das Jura-Museum ist das zweitgrößte Naturkundemuseum Bayerns. Der Schwerpunkt der Ausstellung liegt auf den Fossilien der Solnhofener Plattenkalke, die durch die intensive Steinbruchtätigkeit in der Region zutage gefördert worden sind. Die Versteinerungen, die im Jura-Museum Eichstätt zu sehen sind, ermöglichen eine Zeitreise rund 150 Millionen Jahre in die Vergangenheit, in eine tropische Insel-, Riff- und Lagunenlandschaft, die von Fischsauriern und Krokodilen, Korallenfischen und Krebsen, und in der Luft darüber von Insekten und Flugsauriern bevölkert war. Das vielleicht eindrucksvollste Fossil ist ein Original des Urvogels Archaeopteryx.
Im Jahr 2019 hat die Stiftung Katholische Universität Eichstätt-Ingolstadt die Trägerschaft für das Museum übernommen. Die Stiftung trägt damit der komplexen Entstehungsgeschichte des Museums und seiner naturwissenschaftlichen Sammlung Rechnung. Der größte Teil der Sammlung befindet sich noch heute im Besitz des Bischöflichen Seminars St. Willibald in Eichstätt. Wissenschaftlich betreut wird die Sammlung von den Staatlichen Naturwissenschaftlichen Sammlungen Bayerns.