Die Katholische Universität Eichstätt ging 1980 aus einer Gesamthochschule hervor. Nach einem Notenwechsel zwischen dem Apostolischen Stuhl und dem Freistaat Bayern wurde die Eichstätter Hochschule durch ein Dekret der Kongregation für das katholische Bildungswesen offiziell zur katholischen Universität. Ihr Großkanzler ist der Erzbischof von München und Freising, Kardinal Reinhard Marx, als Vorsitzender der Freisinger Bischofskonferenz. Die KU wird getragen von einer kirchlichen Stiftung öffentlichen Rechts. Die Universität besitzt das Promotions- und Habilitationsrecht; die erworbenen akademischen Grade und Zeugnisse verleihen die gleichen Rechte wie staatliche Hochschulen.

Die KU führt eine fast 450-jährige Eichstätter Hoch­schultradition weiter. Deren Wur­zel ist das Collegium Willibaldinum, das 1564 als ers­tes Seminar für Pries­terbildung nördlich der Alpen ge­grün­det wurde. Die Universität ist sowohl der universitären wie auch der katholischen Tradition verpflichtet und steht Studierenden jeder Konfession offen. Be­­sondere Bedeu­tung hat die Zusam­men­arbeit der Dis­ziplinen und eine Offenheit, die auch Grund­lage für den Dialog mit anderen Religio­nen ist. Denn „ka­tholisch“ bedeutet auch, trotz aller Spezialisierung der einzelnen Wis­sens­gebiete den Blick für das Gan­ze zu wahren. Die Universität will eine akademische Ge­mein­­­schaft sein, die Fach­wis­sen und soziale Kom­petenz auf dem Fun­dament der christlichen Werte ver­­mittelt. So zählen zum Bei­spiel Unternehmens­ethik beziehungsweise journalistische Ethik zu den wichtigen Themenfeldern in Betriebs­wirt­schaftslehre und Journalistik.

Seit 2001 führt die Universität den Namen "Katholische Universität Eichstätt-Ingolstadt", denn an der Wirtschaftswissenschaftlichen Fakultät am Campus Ingolstadt, dem ältesten bayerischen Universitätsstandort, ist inzwischen fast jeder vierte Studierende der KU eingeschrieben.