Der Wissenschaftliche Rat der Katholischen Akademie bündelt Forschungstrends verschiedenster Dizsiplinen und ist mitverantwortlich für das wissenschaftliche Niveau der Akademie. Er besteht aus 24 Lehrenden bayerischer Hochschulen und unterstützt die Akademie insbesondere in der Satzungsaufgabe der wissenschaftlichen Vertiefung des katholischen Weltverständnisses. Seine Mitglieder werden für die Dauer von fünf Jahren bestellt. Neben Katharina Karl, seit 2020 Professorin für Pastoraltheologie an der KU, ist auch Prof. Dr. Jörg Althammer, Professor für Wirtschaftsethik und Sozialpolitik an der Wirtschaftswissenschaftlichen Fakultät, Mitglied im Wissenschaftlichen Rat. KU-Präsidentin Prof. Dr. Gabriele Gien ist seit 2021 Mitglied des Allgemeinen Rats der Katholische Akademie.